• Convenio Comercial, Santiago, 21 de agosto de 1981. 
• Convenio Básico de Cooperación Científica y Técnica, Santiago, 21 de agosto de 1981. 
• Acuerdo Complementario al Convenio Cooperación Científica y Técnica en el Campo de la Administración Pública, Tegucigalpa, 28 de noviembre de 1983. 
• Convenio de Radioaficionados, Tegucigalpa, 28 de noviembre de 1983. 
• Convenio Cultural, Tegucigalpa, 1 de marzo de 1985. 
• Acuerdo de Promoción y Protección Recíproca de Inversiones, Santiago, 11 de noviembre de 1996. 
• Exención del Requisito de Visa para portadores de Pasaportes Diplomáticos, Oficiales y Especiales, 1 de julio de 1999.  
• Convenio sobre Exención de Visas Diplomáticas y Oficiales, 28 de septiembre de 2001.
• Protocolo Bilateral al Tratado de Libre Comercio entre Chile y Centroamérica, suscrito con Honduras, Santiago, 22 de noviembre de 2005. 
• Memorándum de Entendimiento para la creación de una Comisión Binacional de Colaboración Mutua, Tegucigalpa, 30 de Julio de 2008. 
• Memorándum de Entendimiento sobre Cooperación entre el Ministerio de Relaciones Exteriores de la República de Chile y la Secretaria de Relaciones Exteriores de la República de Honduras, 10 de febrero de 2009.
• Acuerdo entre la Academia Diplomática "Andrés Bello" del Ministerio de Relaciones Exteriores de la República de Chile y la Escuela de Diplomacia y de Relaciones Internacionales de la Secretaria de Relaciones Exteriores de la Republica de Honduras, 10 de febrero de 2009.
• Acuerdo sobre Reciprocidad en el Libre Ejercicio de Actividades Remuneradas para Familiares Dependientes del Personal Diplomático, Consular, Administrativo y Técnico de Misiones Diplomáticas y Oficinas Consulares, Santiago, 15 de noviembre de 2011. 
• Convenio Marco de Cooperación en el Ámbito de la Mujer, 30 de noviembre de 2011. 
• Memorándum de Entendimiento en el área deportiva, la actividad física y la recreación, junio de 2012. 
• Memorándum de Entendimiento sobre Intercambio y Cooperación Cultural, 26 de octubre de 2012. 
• Acuerdo Complementario al Convenio Cultural para la Equiparación o Equivalencia y Reconocimiento de Estudios de los Niveles de Enseñanza Básica o Primaria y Media o sus denominaciones equivalentes, 20 de octubre de 2016. 
• Memorándum de Entendimiento para la Cooperación en el Sector de la Infraestructura, 23 de febrero de 2017. 
• Memorándum de Entendimiento en materia de Minería, 23 de agosto de 2017.
• Convenio Marco de Cooperación entre la Academia Nacional de Estudios Políticos Estratégicos de la República de Chile (ANEPE) y la Universidad de Defensa en Honduras (UDH), 2019.
• Convenio Marco de Cooperación y Asistencia Recíproca entre el Instituto Hondureño de Antropología e Historia y el Servicio Nacional de Patrimonio Cultural de Chile, 23 de noviembre de 2020. 
• Memorándum de Entendimiento sobre Cooperación Interinstitucional en Materias de Energía, febrero de 2021.
• Memorándum de Entendimiento entre el Ministerio de Salud y el Instituto de Salud Pública de Chile y la Agencia de Regulación Sanitaria de Honduras, 25 de noviembre de 2021.
• Convenio de Colaboración entre el Instituto de la Propiedad de la República de Honduras y el Ministerio de Bienes Nacionales de Honduras, 30 de noviembre de 2022.
• Memorándum de Entendimiento entre la Pontificia Universidad Católica de Chile y la Universidad Nacional Autónoma de Honduras, 31 de octubre de 2023.

• Convenio Marco de Colaboración entre Universidad de Concepción, Chile y la Universidad Nacional Autónoma de Honduras (UNAH), 31 de marzo de 2023.

• Acuerdo Específico de Colaboración entre la Pontificia Universidad Católica de Chile (UC CHILE) y Universidad Nacional Autónoma de Honduras (UNAH), para programas de doctorado Ciencias Médicas; Neurociencias; y Epidemiología, 31 de octubre de 2023.

• Convenio Marco entre la Universidad Tecnológica Metropolitana (UTEM) de Chile y la Universidad Politécnica de Honduras (UPH), 31 de octubre de 2023.

• Convenio Marco de Colaboración entre la Universidad Tecnológica Metropolitana (UTEM) de Chile y la Universidad Tecnológica Centroamericana (UNITEC), 04 de octubre de 2023.

• Acuerdo de Intercambio entre la Pontificia Universidad Católica de Chile (UC CHILE) y la Universidad Católica de Honduras "Nuestra Señora Reina de la Paz" (UNICAH), 07 de marzo de 2024.

• Convenio Marco de Cooperación entre la Pontificia Universidad Católica de Valparaíso (PUCV) y la Universidad Politécnica de la Innovación (Upi), 11 de abril de 2024.

• Convenio Marco de Cooperación entre la Universidad de La Serena, Chile y la Universidad Pedagógica Nacional Francisco Morazán (UPNFM), 31 de mayo de 2024.

• Convenio Marco de Cooperación entre la Universidad de Los Lagos, Chile y la Universidad Pedagógica Nacional Francisco Morazán (UPNFM), 03 de diciembre de 2024.

• Convenio Marco entre la Universidad Tecnológica Metropolitana (UTEM) de Chile y la Universidad Tecnológica de Honduras (UTH), 2024.

• Convenio Marco de Cooperación entre la Pontificia Universidad Católica de Valparaíso (PUCV) y la Universidad Católica de Honduras "Nuestra Señora Reina de la Paz" (UNICAH), 2025.

• Convenio Marco de Cooperación entre la Pontificia Universidad Católica de Valparaíso (PUCV) y la Universidad Pedagógica Nacional Francisco Morazán (UPNFM), para cooperación recíproca en asistencia, apoyo en temas científicos y culturales, ejecución de proyectos de investigación, transferencias tecnológicas, convenios específicos de movilidad, entre otros, 20 de enero de 2025.

• Convenio Marco de Cooperación entre el Ministerio de Educación de la República de Chile y la Secretaría de Estado en el Despacho de Educación de la República de Honduras, mayo 2025.

• Convenio Marco de Cooperación entre la Pontificia Universidad Católica de Valparaíso (PUCV) y la Universidad Pedagógica Nacional Francisco Morazán (UPNFM), para el desarrollo académico profesional docente e investigadores, entre otros, 19 de junio de 2025.

Otros acuerdos en el siguiente link.